Com a edição da Lei nº 11.798/2008, o presidente da Ajufe passou a ter direito a assento no Conselho da Justiça Federal (CJF). Embora não tenha direito a voto, o assento formal e permanente no CJF é um reconhecimento à atuação da Ajufe, além de representar importante prerrogativa da Associação.
Com a nova norma, além de exercer a supervisão administrativa e orçamentária da Justiça Federal de primeiro e segundo graus, o CJF passa a ter poderes para fiscalizar, investigar, corrigir e, eventualmente, punir as faltas administrativas nesse âmbito.
Compõem o Conselho: o presidente e o vice-presidente do Superior Tribunal de Justiça (STJ), além de três ministros eleitos dentre os integrantes da Corte; os presidentes dos cinco tribunais regionais federais; e os presidentes da Ajufe e do Conselho Federal da Ordem dos Advogados do Brasil (OAB), porém sem direito a voto.
Os conselheiros têm mandato de dois anos, sendo vedada sua recondução. A Corregedoria-Geral da Justiça Federal é exercida pelo ministro mais antigo eleito pelo STJ. O CJF reúne-se ordinariamente uma vez por mês, durante o ano judiciário, e, extraordinariamente, sempre que necessário.
